Hacia 1740 estaba formado un asentamiento pequeño alrededor de la actual hacienda que se dedicaban al cultivo de caña para extraer azúcar y comercializarla, siendo los inicios del Ingenio de Puga, comenzando con el aporte de una familia de españoles que lo fundaron. Al comenzar a crecer la población se estableció en 1936 un decreto donde en 1938 se concedieron dotaciones de tierras para constituir el Ejido denominado "FRANCISCO I. MADERO", Municipio de Tepic, Estado de Nayarit, con una superficie de 16,264 hectáreas, para beneficiar a 410 campesinos capacitados en materia agraria. En 1943 se expropiaron 3,356 hectáreas para formar el Ejido 6 de Enero para beneficiar a 76 ejidatarios.

En un principio el ingenio era conocido como Trapiches de Piloncillo, la fundación de Francisco I. Madero fue gracias a que el número de personas que trabajaban aquí fue creciendo comenzando a formar asentamientos alrededor de éste, siendo en su mayoría personas de otros estados como Zacatecas y Jalisco.

El ingenio ha cambiado de dueño con el paso de los años, pero uno de los primeros dueños fue Don Alonso de la Torre. José María Castaños del Llano fue quien le dio la forma de ingenio y mejoró la administración, dándole importancia entre los estados de alrededor de Nayarit, en esos tiempos  tuvo en su propiedad la fábrica de Jauja, la de Bellavista y el ingenio de Puga.

El ejido fue nombrado Francisco I. Madero porque en el tiempo de su fundación la Revolución Mexicana estaba reciente y como reconocían a Francisco I. Madero como uno de los Héroes de la Revolución que derrocó a Porfirio Díaz, decidieron llamarlo por su nombre.

Según el censo en 2010 del INEGI, Francisco I Madero cuenta con 7091 habitantes y 2275 viviendas. El 7,40% de la población es indígena, y el 5,60% de los habitantes habla una lengua indígena.

Actualmente cuenta con servicios terrestres y servicios aéreos con una pista de vuelos (avionetas para fumigación), perteneciente al ejido de Francisco I. Madero.

La principal competencia del Ingenio de Puga es el Molino de Menchaca que produce 1,000,000 de toneladas, mientras que en Francisco I. Madero se producen 1,720,000 toneladas, la calidad de la azúcar del ingenio de Puga es de mejor calidad que el de Menchaca y se vende a Trident, Bimbo, Nestlé entre otros. El eslogan de Puga es: “Puga endulzando al mundo”.